Toutefois, l'amendement Bono n'est pas le seul obstacle européen que doit affronter Christine Albanel. Au moment-même où Nicolas Sarkozy obtenait du Conseil des ministres le retrait de l'amendement fâcheux, la Commission européenne a émis une série de réserves très critiques à l'égard du projet de loi français. En particulier, Bruxelles a noté que « la question se pose de savoir comment est justifié le fait qu'un organe administratif (la Haute autorité) et non un organe judiciaire dispose du pouvoir de décider s'il y aurait violation ou non d'un droit d'auteur ou droit voisin ». La Commission ajoutait que « le fait que les recommandations envoyées aux abonnés de manière systématique ne soient pas sujettes à recours pourrait mettre en danger le droit fondamental à un procès équitable ».